La ricerca di Chiara Manchisi si è posta sul ducato di Bari e più specificamente sulla Terra di Modugno, ove i grandi eventi lasciano spazio alla “microstoria”: è come porre la lente di ingrandimento su una zona circoscritta da cui trarre elementi inediti. In questo ambito l’autrice si è dimostrata maestra: le sue pregresse pubblicazioni su Bona Sforza e la ben nota conoscenza delle carte dell’Archivio capitolare di Modugno, da lei stessa inventariato, le hanno dato possibilità di evidenziare con padronanza persone e cose. Oltre alle già note lettere autografe di Bona, ha evidenziato tutta la corrispondenza con persone legate alla sua corte, Vito Pascale, Scipione Scolaro, Girolamo Cornale.
Ma l’originalità del lavoro si conferma nei “dettagli” che mettono in evidenza quei particolari per lo più sottaciuti da una storiografia essenziale, ma tanto utili per la storia locale. Di particolare interesse risultano essere i “Capitoli e grazie” concessi da Bona all’università di Modugno nel 1542, riguardanti le disposizioni fiscali, l’amministrazione della giustizia, l’autonomia nei confronti di altre città (segnatamente con Bari), la protezione del territorio, l’esercizio di cariche pubbliche.